U jednotek s pasivní rekuperací je nastavení poměrně jednoduché, netopí, nechladí, zbývá tedy nastavit větrací výkon. Obecně pro zimní období doporučujeme stupeň 1. Větrání s minimálním výkonem zamezí zbytečnému snižování vnitřní vlhkosti. Ideální je větrat podle kvality vzduchu snímané čidlem CO2. Lze doporučit větrání načasovat jen na dobu, kdy jsou v objektu přítomné osoby. Intenzitu větrání u většiny jednotek Nilan řídí vlhkostní čidlo. V menu vlhkost je vhodné nastavit NÍZKÁ na stupeň 1 (logicky je potřeba omezit větrání). Limit by se měl pohybovat kolem 35 %. VYSOKÁ doporučujeme také na nejnižší možný stupeň (2). Je to proto, že algoritmus větrání reaguje na nárůst vlhkosti nikoliv na konkrétní hodnotu.
U jednotek s aktivní rekuperací lze nastavit i vnitřní pokojovou teplotu – hodnoty by měla být o 1-2 °C vyšší než požadujete na primárním topném zdroji. Pokud je jednotky vybavena i nádrží na ohřev teplé vody, nastavte EL.OHŘEV na nutné minimum (nebo zcela vypněte). KOMPRES by měl být nastaven na cca 50 °C a velmi důležité je nastavení KOMP.MAX. na 80 °C.